Jako tradičně v řadě Final Fantasy spojuje i Final Fantasy V Advance všechny postavy hrdinů se známým tématem a vzrušujícím příběhem. Hráči doprovází své hrdiny na napínavou dobrodružnou cestu - Bartze, jeho kamaráda Chocoba, mladou princeznu Lennu, ztrátou paměti trpícího Galufa a pirátského kapitána Farise. Hrdinové se budou snažit zabránit zničení čtyř krystalů, které drží jejich svět pohromadě. V permanentním nebezpečí v boji proti silnému čaroději musí všichni napnout všechny své síly, aby jejich svět nezmizel.
Hráči prochodí společně se svými virtuálními kamarády rozlehlý Fantasy svět. Navštíví města, vymění se s jinými herními postavami, zdolají příšery a budou dělat vše, co je v jejich moci, aby vyluštili hádanku krystalů. S každým úspěšně absolvovaným bojem jim přibývají zkušenostní body, prostřednictvím kterých dosáhnou na vyšší úrovně a budou ještě silnější. A jejich bojová síla navíc roste i prostřednictvím silnějších zbraní a výzbroje, které v průběhu cesty naleznou. Bonusem je pak úplně nový dungeon se 30 úrovněmi a exkluzivními novými prostředky.
Jakou roli nebo jaké zaměstnání – např. bojovník nebo léčitel – postava vykonává, je rozeznatelné i na jejím zevnějšku. Zaměstnanecký systém, který byl zaveden v předchozích titulech, je ve Final Fantasy V dále vylepšen a nabízí více možností než kdykoli dříve. Hráči si mohou v průběhu hry nejenom volně vybírat mezi rolemi a pracemi, ale mohou se učit a uchovávat i určité schopnosti nezávislé na jejich zaměstnání. Kromě toho byly přidány úplně nové typy zaměstnání jako je např. věštec, gladiátor nebo dělostřelec.
