Tato hra je pokračováním úspěšné arkády stejného jména, která hráče opět zavádí na ostrov, kde žije Yoshi a jeho přátelé. Z ničeho nic se však nad touto barevnou mírumilovnou zemí objeví tajemný plovoucí ostrůvek, což je následováno mizením dětí z ostrovní školy. Naštěstí se únosu vyhnou Baby Mario, Baby Peach a Baby Donkey Kong, kteří tak mohou pomáhat Yoshimu ve vyšetřování a nápravě podivných událostí. Yoshi's Island DS půjde ve šlépějích svého předchůdce a nabídne hlavně nápaditý design řady krásně zpracovaných levelů. Každé ze tří dětí (Baby Mario, Baby Donkey Kong, Baby Peach) bude navíc disponovat nějakou speciální schopností, která se přenese i na Yoshiho, kdykoli si jej jedno z dětí osedlá.
Yoshi a tři mladé superstar se tedy musí postavit nespoutanému hostu, aby zachránili děti a prozkoumali zlověstný ostrov vznášející se jim nad hlavou. A díky Nintendu DS se prosperující vyhlídky a nebezpečné cesty Yoshiho ostrova budou klenout přes dvě obrazovky.
