Kapitál Olimar se vrátil zpátky na planetu Pikminů, tentokrát v doprovodu svého asistenta Louie. Při hledání pokladů jim pomáhá nový druh květinových Pikminů. Ovšem budete muset bojovat v nových temných náhodně generovaných jeskyních. Přitom budete muset využívat„point and click“ možnosti ovladače Wii Remote kreativně i obratně. To a napínavý mód pro 2 hráče dělají z tohoto titulů víc než jenom obyčejné pokračování.
Nově nabízí hra například Piklopedii. Ta zaznamenává všechny rostliny a stvoření – od Bulborbů pro Wollyhopy – se kterými můžete přijít do styku při objevování planety. A úplně stejně si mohou hledači pokladů nalistovat své nálezy. Celkem se na planetě Pikminů nachází 201 pokladů, které je třeba objevit. Ale k tomu musí hráči zvítězit nad množstvím protivníků a vyluštit řadu hádanek a hlavolamů. Naštěstí naleznout Olimar a Louie pomoc u nových purpurových a bílých Pikminů. Purpuroví Pikmini mohou díky své supersíle sami zvedat i ty nejtěžší předměty, zatímco bílí dokáží imunizovat proti jedům a mohou lokalizovat skryté poklady. Strategicky využité nasazení těchto schopností může rozhodnout o výhře nebo porážce.
