Epický příběh z The Legend of Zelda: The Wind Waker pokračuje! Linkovo nové dobrodružství začíná v okamžiku, kdy Link nalezne sám sebe ztraceného a samotného kdesi v neznámém moři. Pomocí intuitivního ovládání prostřednictvím dotekové obrazovky a nových hádanek nabízí The Legend of Zelda: Phantom Hourglass nové výzvy pro fanoušky této série a jednoduše pochopitelné ovládání pro nové hráče. Ale čas ubývá rychle a pouze Přízračné přesýpací hodiny (Phantom Hourglass) mohou opatřit Linkovi minuty, které potřebuje k záchraně.
Mnoho měsíců minulo od té doby, co v The Legend of Zelda: The Wind Waker vypluli Link, Tetra a Tetřina pirátská banda, aby našli novou zemi. O několik měsíců později se na své cestě přes oceán skryjí v husté mlze, ve které objeví tajemnou loď duchů. Tetra se dostane do nebezpečí, když se rozhodne jít sama prozkoumat loď, a Link spadne do oceánu, když se jí pokouší zachránit. Když se vyplaví v bezvědomí na břeh, je probuzen zvukem čarovného hlasu. S pomocí této čarodějky a ostatních spojenců vyrazí na cestu za prozkoumáním neznámých vod, záchranou Tetry a návratem do známých oblastí.
The Legend of Zelda: Phantom Hourglass je ovládána převážně prostřednictvím stylusu. Za použití dotekové obrazovky kontrolují hráči přímo Linkovy pohyby a útoky. Rozmáchlé pohyby spouští Linkovy útoky a ťukání na postavy umožňuje Linkovi promluvit si s nimi. Stylus tak nabízí intuitivnější způsoby hraní hry a otevírá nové možnosti řešení hádanek.
Herní akce se odehrává převážně na dotekové obrazovce, na horní obrazovce je pak zobrazena mapa. Ovšem hráči mohou kontrolovat mapu na dotekové obrazovce a dělat si poznámky za použití stylusu. Poznámky na těchto mapách jsou uloženy pro použití na horní obrazovce během hraní hry. Hráči používají mapu také k určování kurzu pro své lodě. Za použití stylusu nakreslí cestu mezi ostrovy a tak určí kurz lodě. Potom loď bude automaticky sledovat nakreslenou cestu a hráči mohou ovládat lodní děla, aby zamířili na blížící se nepřátele.
V dungeonech mohou hráči použít dotekovou obrazovku k nakreslení trasy bumerangu, poslat ho v letu za roh nebo do jinak nedosažitelných oblastí.
Hraní hry řízené stylusem je nejpřesvědčivějším novým prvkem The Legend of Zelda: Phantom Hourglass. Hráči používají stylu k ovládání Linka, mapování trasy jejich lodí, psaní poznámek do mapy a řešení hádanek nad zemí i v dungeonech. Bezdrátový bojový mód pro dva hráče staví proti sobě jednoho hráče, v roli Linka, proti druhému hráči, který ovládá nepřátele, kteří ho sledují. Link musí nasbírat dostatek “Drahokamů síly” dříve, než ho nepřátelé dopadnout.
Hra nabízí:
